晶核游戏中的探索系统是除了战斗之外的另一大玩法，其中探索中的历程则是丰富了主线任务之后各个人物身上的故事，可以让剧情党、休闲玩家获得更多游戏体验。
完成每个人物的历程之后可以增加3点探索度。
在探索度达到一定程度的时候还会有丰厚的奖励，例如宠物自走炸弹人、先锋圣物箱（可以开出+13强化券）、绑定金币、马尔茨特制针剂等等。
托马斯历程
- 前往矿石镇找托马斯激活历程。
- 前往矿坑找到石门。
- 按照顺时针顺序点亮石柱，进入洞窟内部领取宝箱。
- 回矿石镇营地找托马斯。
- 在遗迹上层领取宝箱获得动力源。
- 回矿石镇营地找托马斯。
- 前往惊奇乐园水池旁找钟表学者。
- 前往钟楼，找到卷轴。
- 回到矿石镇找托马斯。
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